严格意义上应当按照《医疗机构执业许可证》上标注的名称开票，但在实际运行中对于有限公司型的医疗机构，也可以按照营业执照上所标注的名称开票，但必须核实确定属于同一家单位（有些《医疗机构执业许可证》上有标注第二名称的那是最好），并与公章名称一致。
二、营利性医疗机构是否需要办理营业执照？
1、《关于城镇医疗机构分类管理的实施意见》规定:“取得《医疗机构执业许可证》的营利性医疗机构,按照有关法律法规还需到工商行政管理、税务等有关部门办理相关登记手续。”
2、国家工商局《关于医疗机构登记问题的答复》中规定:
(1)依据《企业法人登记管理条例》第28条、第35条第2款的规定,对由国家核拨经费的医疗机构,可以不登记注册;凡国家不再核拨经费,实行企业化经营的事业单位,包括医疗机构,均应办理登记注册。
(2)凡是从事医疗业务的各类企业,包括实行股份制、独资、合作、合作经营的,均应办理登记注册。
3、国务院发布的《医疗机构管理条例》,对营利性医疗机构的市场准入条件规定为:“单位或者个人设置医疗机构,必须经县级以上地方人民政府卫生行政部门审查批准,并取得设置医疗机构批准书,方可向有关部门办理其他手续”。
三、什么是营利性医疗机构？
营利性医疗机构指医疗服务所得收益可用于投资者经济回报的弥补医疗机构。政府不举办营利性医疗机构。
营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本和市场供求情况自主制订价格。非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照价格主管部门制订的基准价并在其浮动幅度范围内确定本单位的实际医疗服务价格。
综上所述，营利性医疗机构在进行工商登记的时候，可能由于经办人疏忽，导致发生营利性医疗机构和营业执照的名称不一致的情况。像这种情况，药品生产商为其开具发票的时候，应该严格按照《医疗机构执业许可证》上标注的机构名称开票。如果按照营业执照开票，则必须要证实是同一家单位。
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