在处理婚姻诉讼中，只有一方或双方当事人在诉讼中向法院提出作亲子鉴定的申请时，审判机关才能考虑是否启动亲子鉴定的程序。如一方或双方没有提出这一请求，即使在亲子关系上可能存在着一些问题或疑异，审判人员还是应该按正常的婚姻家庭案件来处理，不应主动干预。
（二）当事人自愿原则
最高人民法院《批复》中“对于双方当事人同意作亲子鉴定的，一般应予准许；一方当事人要求作亲子鉴定的，或者子女已超过３周岁的，应视具体情况，从严掌握，对其中必须作亲子鉴定的，也要做好当事人及有关人员的思想工作”。但是何谓“必须”鉴定的情形呢?我国至今的法律没有对此作出解释。根据我国审判实践的情况,一般是当真正事实与现象事实不一致的盖然性高于两者相一致的盖然性时,即是“必须鉴定”的情形。
（三）特殊情况下，可以推定亲子关系成立。
如果非婚生子女以及与其共同生活的父母一方有相当充分的证据证明未与非婚生子女共同生活的父或母为非婚生子女的生父或者生母，且非婚生子女尚未成年，需要抚养和教育的，如果未与非婚生子女共同生活的父或母不能提供足以推翻亲子关系的证据，又拒绝做亲子鉴定的，应当推定其亲子关系成立。这里涉及对“相当充分的证据”的认识。我所的律师们认为，这种认识，应当从一般人的正常认识及证据的高度优势性等方面综合考虑。同时，要注意，这种推定的前提是为了对未成年的子女进行抚养教育。
（四）视情况征求子女意见
亲子鉴定不仅仅是涉及到夫妻二人的事情，实际上更多的是涉及到该子女当前和将来的成长和生活。子女是无辜的，夫妻双方所作的一次亲子鉴定，有可能对他们带来一辈子的负担和包袱。因此在是否作亲子鉴定时要根据具体情况征求子女的意见。
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